Якобсен използва случая, за да модернизира пивоварната отново. Той инсталира охладителна система, която подобрява качеството на продукта и води до значителен ръст в продажбите. В този момент синът на Якобсен – Карл, се прибира от Европа, където е изучавал пивоварния процес. Баща му предлага да създаде своя собствена бира в новата пристройка на пивоварната. Той нарича тази част на пивоварната Новия Карлсберг. Първото нещо, с което Карл се заема, е да отговори на търсенето, като увеличи капацитета и съкрати пивоварния процес на баща си наполовина. Само в рамките на 10 години продажбите на Новия Карлсберг надминават тези на бащиния Стар Карлсберг. Карл продава бирата с марката Карлсберг, но без благословията на баща си, тъй като продуктът му е с по-кратък срок на съхранение. Това нажежава отношенията между баща и син. Якоб Якобсен, с помощта на адвокатите си забранява на Карл да използва пристройката и се опитва легално да ограничи производствения му капацитет. Той дори иска Карл да смени името на пивоварната си. Якоб Кристиян смята, че трябва да задържи дизайна на марката за собствените си бири, но Карл не се съобразява с него. Баща и син най-накрая се сдобряват през октомври 1886 г., точно преди смъртта на Якоб Якобсен.

1904

Датският архитект и артист Торвалд Биндерслол е нает да създаде етикет, който да промени вида на бирата Карлсберг завинаги. През същата година Карлсберг става първата пивоварна в Дания, която е наета да снабдява с бира Датския кралски двор. Коронката на етиката на Карлсберг е свидетелство за оказаната чест. Листото хмел на етикета пък символизира естествените съставки на Карлсберг. За Якоб Якобсен и за сина му Карл изгледът на сградите на Карлсберг също е много важен. Баща и син вярват, че красивата и артистична среда повдига духа. Идеята им била да изследват архитектурни стилове за индустриалните сгради и да създадат естетически издържана пивоварна.

Карл Якобсен иска да докаже, че коминът на фабриката може да е произведение на изкуството. Под негово ръководство през 1900 г. е издигнат известният усукан комин на Карлсберг. Портата на оригиналния вход на пивоварната е украсена със звезда с 12 лъча. Тя е запазена марка на стария Карлсберг. Слонската кула на Карл Якобсен е вероятно най-известната сграда в пивоварния комплекс. Слоновете символизират четирите деца на Карл. Той избира този символ, тъй като представлява сила, вярност и трудолюбие. И идеално се вписва в неговото мото Laboremus Pro Patria (Да работим за нашата страна).