Фондация Карлсберг е основана през 1876 г., когато Якоб Кристиян Якобсен подсигурява бъдещето на пивоварната си като я предава на Кралската датска академия на науките. Оттогава, Фондация Карлсберг надзирава Карлсберг Груп, гарантирайки, че пивоварната се управлява с фокус върху иновациите и висококачествените продукти и подкрепя основни изследвания в областта на природните и на хуманитарните науки. Всичко това се изпълнява според желанията и визията на пивовара Якобсен, който през 1876 г. прозорливо прехвърля управлението на Карлсберг на Кралската академия на науките.

По това време Академията служи като място за срещи на датския научен елит, както и днес. Решението на Як. Кр. Якобсен е основополагащо, визионерско и дългосрочно. Идеята му е Фондация Карлсберг с научните си основи да гарантира, че дори и след смъртта му Карлсберг ще продължи да подобрява пивоварния процес и да произвежда висококачествени продукти. Когато Якоб Якобсен умира през 1887 г. по време на посещение в Рим, Фондация Карлсберг поема собствеността и управлението на Стария Карлсберг. В момента Карлсберг Груп е единствената световна пивоварна компания, собственост на търговска фондация.